Магаданское областное управление мелиорации и водного хозяйства выло образовано 25 октября1976 года. В его состав вошло 2 подразделения – Управление осушительных систем созданное в 1976 году и Сеймчанский хозрасчетный ремонтно-строительный участок, организованный на базе мехотряда Управления осушительных систем со среднесписочным составом работающих 53 человека. Техническое обслуживание производилось на площади 8,9 тыс.га мелиорированных земель, в том числе по орошению 1,5 тыс.га, по осушению 7,4 тыс.га.
С 1987 года в составе Магаданского областного управления мелиорации и водного хозяйства 3 самостоятельных подразделения - Управление осушительных систем -110 человек, Сеймчанская ремонтно-строительная ПМК - 104 человека, проектная группа 7 человек и аппарат управления – 15 человек. Всего 236 человек. Из 19,1 тыс.га мелиорированных земель обслуживание осуществлялось на площади 15,8 тыс.га .
Финансирование характеризуется следующими данными по годам:

	1980	1981	1986	1987
1. Подрядные работы 2.Ремонтно-экспуатационные работы –      всего : в том числе - капитальный ремонт - текущий ремонт 3. Капремонт зданий и сооружений 4. Капстроительство	551,0 539,5   189,5 350,0 - -	686,4 624,9   146,4 420,5 58,0 -	1691,5 1994,0   788,0 1206,0 44,5 257,4	1745,8 1855,8   867,8 988,0 80,7 417,0

27 июня 1995года Постановлением №1531 администрации г.Магадана Магаданское областное управление мелиорации и водного хозяйства преобразовано в государственное унитарное предприятие «Магаданводэксплуатация» в состав которого входят Охотское унитарное предприятие, Сусуманское унитарное предприятие.

На основании приказа Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 29 октября 1996 года №304 в соответствии с федеральным законом «О мелиорации земель» и предложением администрации магаданской области от 15 октября 1997 года №3591, приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации от 21 октября 1997 года №150 «О специально уполномоченном государственном органе в области мелиорации земель в Магаданской области» 21 октября 1997 года создано государственное учреждение «Управление по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению Магаданской области» путем преобразования государственного унитарного предприятия по эксплуатации мелиоративных систем «Магаданводэксплуатация» и зарегистрированного постановлением мэра г.Магадана от 22 января 1998 года №145.
В период перестройки резко сократилось финансирование сельского хозяйства , и в первую очередь, мероприятий по сохранению и воспроизводству плодородия земель. Первое финансирование поступило в 1999 году. За период 1999-2001 г.г. на реконструкцию и текущий ремонт мелиоративных систем из федерального бюджета выделено 3900,0 тыс.руб., работы выполнены на площади 457 га.
Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 29 марта 2002 года №310 государственному учреждению «Управление по мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению Магаданской области» придан статус федерального государственного учреждения с переименованием его в федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению по Магаданской области», зарегистрированное мэрией г.Магадана 17 апреля 2002 года №884.
За период реализации федеральной целевой программы «Повышение плодородия почв России на 2002-2005 годы», на мелиоративные мероприятия выделено из федерального бюджета 8496,0 тыс.руб., областного 4898,0 тыс.руб., выполнены работы по реконструкции, текущему ремонту на площади 573 га.
В 2005 году ФГУ «Управление «Магаданмелиоводхоз» передана в оперативное управление Ольховская осушительная система площадью 418 га.

В соответствии с федеральной целевой программы «Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельскохозяйственного назначения и агроландшафтов как национального достояния России на 2006-2010 и на период до 2013 года» выделено из федерального бюджета 24711,0 тыс.руб.
В 2007-2008 годах введена в эксплуатацию I очередь Ольховской осушительной системы площадью 33 га, в 2011 году введен I пусковой комплекс II очереди площадью 85,9 га.
По завершению работ по реконструкции и вводом всех площадей в эксплуатацию приостановится выход сельскохозяйственных угодий из севооборота, повысится технический уровень внутрихозяйственной мелиоративной системы, увеличится объем производства кормовых культур, повысится рентабельность животноводства в муниципальном унитарном сельскохозяйственном предприятии «Новая Армань». При определении эффективности осушительной системы все кормовые культуры без проекта и с проектом через коэффициент переведены в молоко. Расход кормов на производство молока составляет 1,25 тонны кормовых единиц. В результате осуществления намечаемых мероприятий с участка будет получено 1002 тонны кормовых единиц, что в переводе на молока составит 802 тонны.

Приказом Министерства сельского хозяйства Российской Федерации от 17.05.2011г. №126 в целях реализации федерального закона от 08.05.2010г. №83-ФЗ «О внесении изменений в отдельные акты Российской Федерации в связи с совершенствованием правового положения государственных (муниципальных) учреждений» федеральное государственное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению по Магаданской области» переименовано в федеральное государственное бюджетное учреждение «Управление мелиорации земель и сельскохозяйственному водоснабжению по Магаданской области».